Но сегодня Габера помнят как «отца химического оружия». Габер руководил группами, разрабатывавшими применение хлора и других смертоносных газов во время Первой Мировой. Габер лично контролировал первое удачное применение хлора во время Второй Битвы при Ипре (под его руководством в организации газовой атаки участвовали еще трое будущих Нобелевских лауреатов – Джеймс Франк, Густав Герц и Отто Ган). В результате пострадало более 15000 человек, 5000 погибли. За организацию химической атаки Габер получил чин капитана. В ту ночь, когда Фриц Габер впервые надел свой капитанский мундир и праздновал первое применение оружия массового уничтожения, его жена Клара (тоже химик) покончила жизнь самоубийством.
Всего за период Первой Мировой войны от газов погибнет 92 000 солдат и более 1 300 000 солдат останутся инвалидами.
По версальскому договору Германии запрещено было производить химическое оружие. Тогда, по совету Габера, линии по производству химического оружия были переоборудованы на производство химических дизенфицирующих средств, что не было запрещено Версальским договором. Габер консультирует Советский Союз по производству отравляющих веществ. Место для строительства фабрики по производству смертельных газов выбирается в Самаре. Там строятся цеха по производству горчичного газа, фoзгена и хлорина. За заслуги в развитии газового оружия в России, в 1932 году Габер становится почётным членом Академии наук СССР.
Немецкие учёные, работавшие в институте Габера, создают отравляющее вещество Циклон Б. На процессе против управляющего фирмой Degesch, производившей «Циклон Б», было подсчитано, что 4 килограммов «Циклона Б» было достаточно для умерщвления 1000 человек. После прихода Гитлера к власти, правительство вынуждает Габера отказаться от звания профессора и всех его работ, так как он был евреем. Родственники Габера погибнут в немецких лагерях смерти.
А в 1946 году его сын Герман покончил жизнь самоубийством.
